Chile, 1973. Lena (Emma Watson) und Daniel (Daniel Brühl) geraten während des Militärputsches in die Fänge der Geheimpolizei. Daniel wird verschleppt und Lena findet heraus, dass er in der hermetisch abgeriegelten Colonia Dignidad im Süden Chiles festgehalten wird.
Nach außen ein deutsches Musterdorf unter der Führung des Laienpredigers Paul Schäfer (Michael Nyqvist), kollaboriert die Colonia in Wahrheit mit Diktator Pinochet und lässt ihn dort politische Gefangene foltern und töten. Lena beschließt, sich der berüchtigten Sekte anzuschließen, um Daniel zu befreien.