Als Jake (Asa Butterfield) verschiedene Hinweise findet, die Realität und Zeit auf rätselhafte Weise auf den Kopf zu stellen scheinen, entdeckt er einen geheimen Zufluchtsort – „die Insel der besonderen Kinder“.
Je mehr Jake über die Bewohner der Insel und über ihre außergewöhnlichen Fähigkeiten erfährt, desto mehr wird ihm bewusst, dass Sicherheit nur eine Illusion ist und dass Gefahr in Gestalt von übermächtigen, unsichtbaren Feinden überall lauert.
Jake muss unbedingt herausfinden, was wahr ist, wem er trauen kann und wer er selbst wirklich ist.
Die Geschwister Annie und Baxter Fang wachsen in einer exzentrischen Familie auf. Ihre Eltern sind professionelle Performance-Künstler und die Kinder finden sich von klein auf zu ihrem Leidwesen regelmäßig als Live-Acts in ihren skurrilen und provokanten Kunstaktionen wieder. Als die Eltern viele Jahre später plötzlich verschwinden, geht die Polizei zunächst von einem Gewaltverbrechen aus. Doch Annie und Baxter sind sich sicher, dass es sich um eine neue Kunst-Performance handelt. Immer mehr wandelt sich ihre Suche nach den Eltern zu einer Reise in ihre eigene aberwitzige Vergangenheit.